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　　益生元被明确的制定作用于大肠菌落。

　　减轻便秘：很多益生元为在大肠中发酵的碳水化合物。通过发酵产生肠气体来增大肠体积从而缩短了消化物在肠中的逗留时间。便秘是由消化物在肠中逗留时间太长而引起的。经过时间短了自然有助于抵抗便秘。

　　降低肠 pH 值: 该作用是由于新产代谢来自从蛋白质发酵(生成氨，高 pH )向更多碳水化合物发酵(生成酸)的改变。一些肠道疾病如节段性会肠炎和 IBS (急性肠道综合症)的特征都是有过高的肠 pH 值。降低 pH 从而可以降低(并非治愈)这些疾病的发生。这是有益于病人的。

　　恢复肠细菌平衡: 益生元可以帮助肠在经过抗生素，腹泻，压力或其它药物(非抗生素类)的干扰后恢复肠内细菌平衡。通过对某特定菌群的选择性的刺激而使平衡恢复。

　　对血脂的功效: 影响血脂浓度

　　降低直肠癌发病率:

　　对免疫系统的功效: 通过改变肠菌落从而可能影响免疫系统, 免疫系统被激活来抵抗致病菌。

　　完善婴儿肠菌落: 四岁以下儿童的肠菌落很不稳定。许多口入致病菌都可以干扰微生物菌落。可以稳定菌落的物质可被认为是益生元。一些研究指出有些商业化的单糖可以改变菌落和降低 pH 值而起到由稳定效应。